Jobs

We are looking for highly motivated PhD students, postdocs, Hiwis, and bachelor/master-students! We offer a stimulating and friendly work environment and many exciting and ambitious projects. If you are interested to obtain more information, please contact Johannes Söding by email.

We are part of the Graduate School of Quantitative Science Munich (QBM), the graduate training program "Integrated Analysis of Macromolecular Complexes and Hybrid Methods in Genome Biology" (GRK1721), and the research center "Regulatory Networks in Genome Expression and Maintenance" (SFB646).

 

PhD projects

We are looking for gifted and motivated PhD students. Our lab is among the leading groups in protein structure prediction and remote homology detection. Another research focus is on understanding transcriptional regulation and detecting weak regulatory motifs in promoter sequences. For most projects, sound programming skills are of great advantage, but other projects are more applied and require deep biological interest in the questions we want to address. If you are fascinated by biology and are strong in quantitative and analytical thinking, chances are that you will fit into our group very well. Interested? Please contact Johannes Soeding by email, soeding@genzentrum.lmu.de, with a CV and a few words about your interests.

If you are a Chinese national, you can apply for a partner program between our university (LMU) and the China Scholarship Council (Deadline: each year February 28). They offer around 30 PhD scholarships per year at the LMU, preferably in the life sciences.

The groups of Ulrike Gaul and Patrick Cramer at the Gene Center are looking for PhD students for collaborative projects with the computational biology in the area of gene regulation / systems biology. Contact: Ulrike Gaul or Patrick Cramer.

 

Postdocs

We are seeking excellent postdocs who could finance their stay in our group through a grant. (Start-up financing from our lab might be available.) We can assist in identifying research topics and drawing up a top-notch research plan. The followig programs support postdoctoral researchers in Germany:

  • The Alexander-von-Humbold-Foundation offers fellowships for foreign researchers to do research in Germany for up to 24 months under the Humboldt Research Fellowship program or, for nationals from developing countries, the Georg Forster Research Fellowship program.
  • The European Research Council (ERC) offers within its Framework 7 Program several Marie-Curie fellowships for Europeans on non-Europeans. There are versions for Postdoctoal researches relocating within Europe (IEF), or for coming back to their home country (ERG, IRG), for example. The ERC also offers Marie-Curie fellowships for researches of any nationality, the Marie Curie International Incoming Fellowships, to finance research at a European host institution.
  • EMBO Long-Term Fellowships support post-doctoral researchers for visits up to two years. For eligibility, the applicant must move between countries and must have passed her/his PhD exam in the two years prior to the respective application deadline. Deadlines are 15 February and 15 August.
  • The Human Frontier Science Program (HFSP) offers Postdoctoral Fellowships to nationals of participating countries. These are (as of 01/2011): all EU member countries, Australia, Canada, India, Japan, New Zealand, Norway, the Republic of Korea, Switzerland, and the USA. The application deadline is typically towards the end of November.
  • FEBS Long-Term Fellowships are available for up to 3 years of postdoctoral work. Application deadlines are usually April 1st and October 1st.
  • A small number of LMU research fellowships are offered to foreign postdocs at the LMU.
  • See also the list of links to other funding opportunities at this LMU site.

Postdoc positions in molecular systems biology of transcriptional regulation are available in the Cramer lab and the Gaul lab at the Gene Center. Please contact Patrick Cramer or Ulrike Gaul directly for more information.

 

Diplom-, Master-, Bachelor-Projekte

Wir sind immer an motivierten und wissenschaftlich interessierten Studentinnen und Studenten interessiert, die bei uns ihre Masterarbeit oder Bachelorarbeit machen moechten.  

Aktuell suchen wir zwei Masterstudenten (evt. Bachelor) fuer zwei spannende Projekte im Bereich der Proteinstrukturvorhersage. Es geht um die Vorhersage von Kontakten zwischen Aminosäuren in Proteinen aufgrund ihrer korrelierten Mutationen. Diese Kontakte können zur de-novo Proteinstrukturvorhersage (also ohne bekannte, homologe Strukturen) oder in Verbindung mit Homologiemodellierung genutzt werden. Seit einem methodischen Durchbruch vor 2 Jahren herrscht weltweit großes Interesse an diesen Methoden. Unsere Gruppe forscht seit 1 1/2 Jahren auf dem Gebiet und hat vielversprechende Ideen, die wir gern schnell umsetzen möchten, um unsere eigene Implementierung voranzutreiben.

Im ersten Projekt geht es um die statistische Beschreibung, welche Paare von Aminosäuren äquivalent fuer Kontakbildung und Stabilitaet innerhalb der Protein sind. Eine Beschreibung mit Hilfe statistischer Modellierung und Machine Learning könnte die Vorhersagen deutlich verbessern. Im zweiten Projekt verfolgen wir den Ansatz, Muster in der Kontaktmatrix zu erkennen, die fuer den Kontakt bestimmter Sekundärstrukturelemente charakteristisch sind. Die Arbeiten sind ideal fuer Leute mit Spass an quantitativem Denken und Statistik. Gute Programmierkenntnisse wären vorteilhaft. Die Arbeiten umfassen die gesamte Entwicklung der jeweiligen Methoden, von der Generierung von Trainings- und Testdaten ueber die statistische Modellierung (theoretisch und praktische Umsetzung) und Benchmarking der Methode und die iterative Verbesserung. Falls ihr Interesse habt, meldet euch bei bei Johannes Soeding (soeding@genzentrum.lmu.de). Ihr koennt euch natuerlich auch gern an Gruppenmitglieder mit Fragen zur Gruppe wenden (Liste unter "People").

Mögliche weitere Themen:

  • Vorhersage von Aminosäurekontakten in Proteinen mithilfe statistischer Modellierung von Aminosäurepaar-Korrelationen
  • Vorhersage von Aminosäurekontakten in Coiled-coil-Proteinen durch Mustererkennung in Kopplungsmatritzen korrelierter Mutationen
  • Evolution regulativer, nichtkodierender Sequenzen
  • Thermodynamische Modellierung von Faktorbindungen und Transkriptionsraten
  • Methoden zur Vorhersage von linearen Aktivationsmotiven in Transkriptionsfaktoren
  • Transcription factors -  key cellular regulators and their sequence-structure-function correlation
  • Hochempfindliche Sequenzsuchen von Proteinkomplexen
  • Automatische Qualitätskontrolle and Korrektur von multiplen Sequenzalignments
  • Ultraschnelle Sequenzvergleiche mit High-Performance Computing-Techniken
  • Neue Methoden des Sequenz-Struktur-Vergleichs in der Homologiemodellierung

HiWi-Projekte

Wir haben fast immer offene Stellen fuer interessierte Studentinnen und Studenten auf (z.B. 10h/Woche), die fruehzeitig im Studium an wissenschaftlichen Projekten in der Bioinformatik arbeiten moechten. Wichtig ist dabei nicht so sehr, was man schon kann, sondern ein starkes Interesse  wissenschaftlich zu arbeiten. Wir streben eine langfristige Zusammenarbeit an, die moeglichst ueber die Bachelorarbeit bis zur Masterarbeit geht und im Idealfall in einer Doktorarbeit muendet. Daher koennen notwendige Grundlagen "on the Job" erarbeitet werden. Praktische Programmiererfahrung in irgend einer Sprache ist allerdings sehr vorteilhaft.

  • Siehe Diplom-, Master- und Bachelor-Projekte
  • Betreuung und Erweiterung unseres Bioinformatics Toolkits
  • Sequenzanalyse und Homologiemodellierung
  • Analyse von Functional Genomics und systembiologischen Daten in R

 

Internships

We offer highly motivated students the possibility to do full-time internships in our group for a minimum of 3 months.

 

Weitere Bioinformatik-Projektangebote in Muenchen